Στο Τμήμα ΦΚΣ λειτουργούν εργαστήρια τα οποία υποστηρίζουν τη διδακτική́ και ερευνητική́ δράση των μελών του. Τα εργαστήρια στεγάζονται είτε στις κτηριακές εγκαταστάσεις του Τμήματος είτε στο Κέντρο Ερευνών και Μελετών (ΚΕΜΕ) του Πανεπιστημίου Κρήτης, στο οποίο και υπάγονται.